Im Winterflugplan bietet die griechische Fluggesellschaft weiterhin Nonstop-Verbindungen von Berlin, Düsseldorf, Frankfurt, Hamburg, München und Stuttgart nach Athen an. Passagiere aus Düsseldorf, Frankfurt, München und Stuttgart können mit Aegean zudem nach Thessaloniki fliegen. Heraklion wird bis zum 31. Oktober von Düsseldorf und Stuttgart, bis zum 27. November von Frankfurt sowie bis zum 28. November von München aus angeflogen. Direkte Verbindungen von Frankfurt (bis 31. Oktober) und München (bis 30. Oktober) nach Rhodos bietet die Fluggesellschaft ebenfalls.
Von den Drehkreuzen Athen und Thessaloniki aus bietet Aegean zahlreiche Anschlussverbindungen zu Zielen in Griechenland wie Heraklion, Chania, Korfu, Kos, Mykonos, Naxos, Santorin und Zakynthos.
