Aufgrund der weltweiten Reisebeschränkungen und Quarantänebestimmungen infolge der Covid-19-Pandemie haben die Fluggesellschaften mit dem Beginn der Winterflugplanperiode ihr Flugangebot auch am Münchner Flughafen noch weiter reduziert. Deshalb wird die Passagierabfertigung im Terminal 1 bis auf weiteres eingestellt. Ab dem 1. Dezember 2020 erfolgen alle An- und Abreisen über Terminal 2. Auch die Gepäckausgabe für sämtliche Flüge wird im Terminal 2 durchgeführt. Der Check-in für die üblicherweise im Terminal 1 ansässigen Airlines findet dann auf der Ankunftsebene (Ebene 03) im Terminal 2 statt.
